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另外，选取的微卫星数量也是一个影响因素，若纳入了一些阳性率较低的微卫星位点，则会在一定程度上降低MSI检测的灵敏度，因此并不是位点越多越好。Bethesda Panel和Promega的位点选择已有较多研究数据支持，且得到了NCCN指南的推荐。如果检测位点未经过大规模研究数据验证，则可能会造成假阴性或假阳性的结果。