脓肿位置可能不一样，膈下脓肿，腹腔脓肿，肠间脓肿或者盆腔脓肿的诊断可以通过各种影像学特征来完成。虽然脓腔的CT和超声特征已经阐述清楚，但其他腹腔内液体的聚集，例如血肿，胆汁瘤，囊状淋巴管瘤和囊肿等都应该区分开。而且，既然没有好办法事先确定积液内是否存在感染，不论何时只要有临床可疑时都应改进行穿刺引流。
诊断腹部脓肿最有效并且最常用的两种方法是CT和超声。超声具有便捷，迅速，没有放射，便宜等优点。诊断的准确率和CT相同。可以明确脓肿的大小、部位、深浅度，也可以在B超引导下穿刺进行诊断或引流。但是对于肥胖，肠梗阻，广泛性皮肤外伤/烧伤的病人就不能进行该检查。大多数病人，超声作为首选检查。脓腔典型的超声表现为无回声积液，其内带有一些回声性碎片。但是，根据内容物的不同，一些脓肿可能表现为混合回声或者高回声的病变。根据超声的特点进行脓肿病因的诊断还存在一些困难。
CT不依赖操作者的技术和身体条件能够提供更加标准的信息。当脓腔完全浊化时，诊断的准确率几乎在95％以上。另外，CT还能为经皮穿刺引流提供精确的引导（甚至可以使用透视CT进行实时引导）。当许多人认为当可疑存在腹部脓肿时超声为首选影像学手段时，也有很多人认为CT是性价比最高的影像学检查方法，因为它很高的精确度和特异性。在腹部脓腔探测方面，肠袢间不充分的肠壁模糊是基本要素。
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