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        目前看来栓塞治疗是非常安全的，其死亡率为零，而且极少出现大的并发症。最常见的副作用是由自限性的胸膜炎引起的胸痛，通常伴有低热，偶尔有局部的肺泡浸润。3-16%的患者在操作后的2-4天内出现上述症状，典型状态下症状持续3-6天。目前认为出现上述表现的病因是由于动脉瘤的血栓和/或正常肺动脉栓塞引起的肺梗死。似乎处理大的肺动静脉畸形病灶后出现上述并发症的概率更高，达31%，适宜的远端栓塞可以降低这种情况的发生率。更少比例的一部分病人（4-5%）可能在数周后出现伴有发热和浸润的胸膜炎，出现这种情况的原因可能是迟发的血栓或者更少见的情况—感染。

        栓塞物质通过肺动静脉畸形导致的周围动脉的栓塞可能是肺动静脉畸形栓塞治疗后最严重的潜在并发症。尽管据报道有0.4-2.17%的患者出现栓塞，但是通常这些患者很少出现明显的临床表现。此外，随着弹簧栓子的使用以及必要时将其锚定在分支血管上的做法，基本上这种并发症已经不再发生。某些弹簧栓子可以安全的留在原位，另一些可控释放的微弹簧圈，当它们意外进入重要的非靶血管床时可以经腔回收，通常这种情况不会有明显的并发症出现。已经膨胀的球囊或者弹簧栓子移动到未受累区域的情况是非常少见的。有一例在一周后由于血栓移动造成中风的报道，血栓来自于已栓塞的肺动静脉畸形的动脉瘤。

        已经注意到在大约5%的患者中出现动脉系统空气栓塞。最常见的临床表现有胸痛，心动过缓，患者处于仰卧位时，空气进入位于前面的右冠状动脉开口处，引起ECG的改变。这些症状通常在几分钟内就可缓解，硝酸甘油，氧气和阿托品治疗有效。比较少见的一些表现还有一过性的缺血性心梗或者口周和面部的感觉异常。有两例操作过程中发生心血管意外的报道，病因并不确定，但很可能是由空气或者是隐性的血栓栓塞所致。

        其他的几种并发症极其罕见。肺动静脉畸形或者血管受损可引起自限性的、少量的出血，通常处理这种情况的最好方法是完成栓塞操作。深静脉血栓在那些有红细胞增多症和同一静脉中有多次导管操作史的患者中比较常见。在有潜在的肺动脉高压的患者中，通过肺动静脉畸形的低阻力血流和/或者同时存在的左向右分流，例如来自肝脏的动静脉畸形，使肺动脉高压的表现不太明显，在这部分患者中可能出现新发的或者恶化的高血压。