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       动脉导管溶栓的并发症报道在9％到47％，可幸的是大部分并发症发生率都很小。并发症包括出血（最主要在穿刺部位，但是也可能在腹膜后、胃肠道和颅内出血）、远端栓塞、导管周围血栓形成、肾毒性、液体摄入不平衡、穿刺部位的感染和败血症，甚至死亡。


       出血仍然是经导管溶栓最常见的和主要并发症。Gardiner和Sullivan在对文献进行了回顾后，发现严重出血并发症的发生率是大约7％，轻微出血并发症的发生率是大约6％。链激酶治疗时出血并发症的发生率升高，可能会到28％。这使得大部分介入医生都避免使用链激酶。有些研究发现使用r–TPA的出血发生率比尿激酶要高，但是更大规模的STILE试验显示结果并不与之一致。最近一系列前瞻性的研究已经显示，注射尿激酶的主要出血率是6 – 10%，但是有趣的是，后来的研究显示出血并发症的出现与使用的剂量有关，在首剂使用4，000单位/分钟的患者只有2％发生出血。

       大部分血肿都发生在外周导管穿刺插入的部位，一般情况下在减少肝素用量和施加外压共同作用下可以控制，必要时增加血管鞘管的半径（例如从5F换成6F）也可以帮助在出血部位施压。腹膜后出血在溶栓的发生率为0.3％，但这是一个很麻烦的并发症，因为在患者产生症状之前可能会有大量的出血聚集在腹膜后，使患者潜在低血压导致心肌梗死和死亡的危险。经常监测生命体征和红细胞比容，注意病人的临床主诉如持续的恶心和后背痛可以发现早期的症状。如果CT确诊后需要立即终止溶栓，注射鱼精蛋白拮抗肝素，需要时进行手术处理。

       可能最出乎意外的出血是颅内出血（ICH），最近的前瞻性研究报道的发生率为1 – 2％。尽管ICH是值得注意的一个并发症，但它在经导管动脉溶栓中的发生率并不很高，报道急性肢体缺血患者进行手术治疗时致命脑血管意外的发生率是7 – 8％。
大约5 – 9%的患者可能发生栓子碎片引起的栓塞，应该让患者提前知道发生的可能性，引起这常常引起暂时的疼痛加重和远端脉搏丧失。幸运的是，大部分这种栓塞都可以通过继续输入溶栓剂而缓解。如果血管造影是发现栓塞，将3F导管放入靠近血凝块的部位，注入高剂量的溶栓剂，这样可以加速栓子的溶解。或者，如果是动脉粥样硬化斑块或高度机化的栓子发生了栓塞，可以进行导管抽吸栓子切除术。由于栓塞对经皮治疗反应不佳而直接引起的截肢极少（< 1％）。

       其它很少出现的并发症包括导管或导丝操作时引起的动脉划伤、穿刺部位假性动脉瘤、碘化溶栓剂引起的急性肾功能衰竭和败血症发生率不足1％。对尿激酶或r–TPA的过敏反应很少，但是患者如果以前注射过链激酶或得过链球菌感染，则可能会对链激酶敏感。尿激酶引起的副反应主要包括发烧、寒战等，在该治疗的早期使用是经常发生，但最近报道其发生率明显下降，大约少于1％。当这些反应发生时，可以静脉使用300毫克甲氰咪胍或50毫克哌替啶（Demerol）。