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和其他癌症一样，结肠癌的病因并不十分清楚。但临床某些因素大大增加发病的危险性如：

发病年龄：多在50岁以后

家族史：如果某人的一级亲属，得过结直肠癌，他在一生中患此病危险性比普通人群要高8倍大约四分之一的新发病人有结直肠癌的家族史　
 

结肠疾病史：某些结肠疾病如克隆氏病或溃疡性结肠炎可能增加结直肠癌的发病机会　他们结肠癌的危险性是常人的30倍　

息肉：大部分结直肠癌是从小的癌前病变发展而来　它们被称为息肉　其中绒毛样腺瘤样息肉更容易发展成癌　恶变得机会约为25%；管状腺瘤样息肉恶变率为1-5%

基因特征：一些家族性肿瘤综合症　如遗传性非息肉病结肠癌　可明显增加结直肠癌的发病机会　而且发病时间更为年轻　

肠道菌群特征：最近的研究结果表明，人体肠道内的细菌可能与某些人发生结肠癌的风险相关。来自佛罗里达大学的科学家将他们的研究成果发表在五月二十六日美国微生物协会第110届大会上，会议在加利福尼亚州圣迭戈进行。研究结果表明，有些细菌的标记更经常发现可发展成癌症的息肉上，而其他地方这种细菌的标记出现频率。Culpepper和他的同事收集了被调查人群关于饮食习惯和病史，粪便样本以及来自91结肠活检样本数据。他们分析了30个人的微生物群落组成，至少有一息肉和30年龄和性别匹配的对照介绍。几种细菌标记只发现在息肉上，其它细菌只在没有息肉的部位。有息肉的患者大便中细支真杆菌（Eubacterium ramulus）增加，而瘤胃球菌属和人类肠道厚壁菌（human intestine firmicute）在没有息肉粪便中增加。在组织样本中，食酸菌属（Acidovorax）。更频繁地被发现在息肉中。与对照组之间不一致的其他细菌标记也被发现，但没有任何已知道细菌匹配，显示不明和没有特征化的细菌也存在。这项工作的结果显示了发展非侵入性检测微生物组成筛选结肠癌的可行性，以及改变和发展以饮食为基础的预防策略有助于改善肠道微生物组成和降低结肠癌风险。