AMI的四大主要病因是：肠系膜上动脉栓塞、非闭塞性肠系膜血管缺血（NOMI）、肠系膜上动脉血栓形成、肠系膜静脉血栓形成。少数AMI与血管炎、外伤、主动脉夹层、肠扭转、肠套叠、疝、肠粘连、药物（可卡因）、胆固醇栓子以及肠梗阻有关。 急性肠系膜缺血往往是动脉阻塞的结果，包括血栓性或者栓子性的，以及非阻塞性病程，比如血管痉挛或者静脉血栓。在接近50%的病例中继发于栓子，接近25%的病例中继发于血栓。栓子的来源往往是心脏，一般是左心房或者心室的血栓或者瓣膜损伤。大部分栓子会楔入肠系膜上动脉（SMA）中段或者远端的分支点。血栓则大多数出现在近端肠系膜动脉，位于或者接近动脉起始点。其余25%的急性肠系膜缺血的病例起因各不相同，主要包括非阻塞性病因，比如心脏的底输出量或者血管收缩性药物的作用。伴有肠系膜动脉粥样硬化时，这些因素的危险性会加重。 在肠系膜急性缺血的病因中，因肠系膜静脉血栓而引发的估计占不到5~15%。主动脉夹层向下延伸累及到肠系膜动脉，是肠系膜缺血的另一个潜在原因（5%）。 肠系膜缺血的危险因素包括高龄，心律失常，心脏瓣膜病，充血性心力衰竭，心脏底输出量状态，非特异性的动脉粥样硬化以及血液高凝状态，比如由恶性肿瘤或者某些药物的使用等原因所引起。特别是洋地黄，对于内脏血运有着收缩血管的作用。
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