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        最开始的治疗应补充足够的容量以弥补丢失到肠腔里的体液，以稳定病人的心血管状态。对有腹膜刺激征的病人需立即手术切除无生机的肠管，因为如果没有手术的干预，死亡率接近100％。
        尽管一些学者提倡进行静脉血栓切除术，但是动物实验显示静脉闭塞超过两小时再行血栓切除术，不能改善整体预后。切除坏死肠管后的病人，未受累肠段再发生血栓形成的几率高达29%。因此，术前和术后的抗凝非常重要。如果发现肠系膜动脉血管收缩的证据，动脉内输注罂粟碱同样可能奏效。
        使用全身的、经动脉的或者直接输入溶栓药物可以成功的治疗没有腹膜刺激征或者广泛粘膜下出血的肠系膜静脉血栓形成的病人。利用经肝直接进入肠系膜静脉系统或者经颈静脉途径，进行机械性血栓切除术、溶栓、PTA和支架植入都已经被证明是成功的治疗方案。在试图进行血管内血管重建之前，需要知道只有很少临床发现的肠系膜静脉闭塞的病人，往往仅用抗凝和支持治疗就能康复。大部分这种病人都需要长期抗凝治疗。