急性肠系膜缺血往往是动脉阻塞的结果，包括血栓性或者栓子性的，以及非阻塞性肠系膜缺血，比如血管痉挛或者静脉血栓。 肠系膜上动脉（SMA）的急性栓塞是AMI最常见的原因，所占比例为40-50%。其中接近50%的病例中继发于栓子，接近25%的病例中继发于血栓。栓子的来源往往是心脏，一般是左心房或者心室的血栓或者瓣膜损伤。所以 SMA栓塞的病人往往有心脏病病史并且临床表现的特征是突然出现剧烈的腹痛和腹泻（有时血性）。大约20%的病人同时合并有周围动脉栓塞，大概1/3的病人既往有栓塞的发生。大部分栓子会楔入肠系膜上动脉（SMA）中段或者远端的分支点。 急性肠系膜动脉血栓形成往往在有动脉粥样硬化病变的病人中发生。在高达50%的病人中有肠绞痛的历史。相对于突然发生的SMA栓塞，急性肠系膜动脉血栓形成引起的腹痛更加隐袭。血栓则大多数出现在近端肠系膜动脉，位于或者接近动脉起始点。 其余25%的急性肠系膜缺血的病例起因各不相同，主要包括非阻塞性病因，比如心脏的底输出量或者血管收缩性药物的作用。伴有肠系膜动脉粥样硬化时，这些因素的危险性会加重。非闭塞性肠系膜血管收缩占AMI的20-30%，其死亡率特别高。内脏血管收缩往往是由于长期系统性低血压的结果。这种血管收缩甚至在低血压被纠正后仍然持续存在。某些药物，例如洋地黄类和多巴胺，可导致病人发生非闭塞性肠系膜血管收缩。 在肠系膜急性缺血的病因中，因肠系膜静脉血栓而引发的估计占不到5~15%。最常见的合并肠系膜静脉血栓形成的疾病有门脉高压、高凝状态、外伤、腹部炎症性疾病、口服避孕药以及既往有门静脉系统手术的病人。当急性肠系膜静脉血栓形成并且没有足够静脉侧枝循环形成时，会造成肠粘膜水肿，并进一步造成动脉血低灌注。 大约5%的病人是的肠系膜血管缺血是主动脉夹层的并发症。这种病人的手术死亡率接近90%。最近，血管内技术已经应用到由主动脉夹层引起的肠系膜血管缺血的治疗中来。 肠系膜缺血的危险因素包括高龄，心律失常，心脏瓣膜病，充血性心力衰竭，心脏底输出量状态，非特异性的动脉粥样硬化以及血液高凝状态，比如由恶性肿瘤或者某些药物的使用等原因所引起。特别是洋地黄，对于内脏血运有着收缩血管的作用。
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